Двенадцатого октября 1999 года Первез Мушарраф пришел к власти в результате бескровного переворота и смещения премьер-министра Пакистана Наваза Шарифа. 14 октября того же года в Пакистане было введено чрезвычайное положение, распущены парламент и Национальная ассамблея, приостановлено действие Конституции. Генерал Мушарраф был объявлен главой исполнительной власти. В июне 2001 года он принял полномочия президента Пакистана сроком на пять лет, сохранив за собой посты главы исполнительной власти и вооруженных сил.

В апреле 2002 года в Пакистане был проведен всенародный референдум, по результатам которого Мушарраф получил возможность пребывать на посту главы государства еще в течение пяти лет. Провозглашение Мушаррафа президентом Пакистана вызвало протест лидера Пакистанской народной партии Беназир Бхутто, обвинившей генерала в нарушении конституции, которая запрещает совмещать пост президента с постом главнокомандующего армией. Эта статья конституции была заморожена до следующих выборов, Мушарраф дал обещание сложить с себя полномочия главкома в 2004 году, но обещание не выполнил.

В октябре 2007 года Первез Мушарраф победил на президентских выборах. Однако Верховный суд не подтвердил легитимность его президентства, поскольку он продолжал совмещать гражданский и военный посты. Через месяц по приказу Мушаррафа в Пакистане было введено чрезвычайное положение. Ссылаясь на растущие террористические угрозы, он приостановил действие конституции, сменил судей в Верховном суде. Новые члены Верховного суда признали его действующим президентом.

В конце ноября 2007 года Мушарраф оставил военный пост и на следующий день принял присягу уже как гражданское лицо, в середине декабря отменил чрезвычайное положение.

В феврале 2008 года по результатам парламентских выборов партия "Пакистанская мусульманская лига" (ПМЛ-К), на которую опирался Мушарраф, заняла третье место, уступив Партии пакистанского народа (ППН) и Пакистанской мусульманской лиги (бывшего премьер-министра Наваза Шарифа, ПМЛ-Н). В начале августа 2008 года правящая коалиция, ссылаясь на серьезные конституционные нарушения, начала процедуру импичмента против Мушаррафа. 18 августа 2008 года Мушарраф под угрозой импичмента был вынужден уйти в отставку, после чего эмигрировал в Великобританию.

В 2009 году в Пакистане против Мушаррафа было возбуждено дело о незаконном аресте более 60 судей, в том числе главы Верховного суда при введении чрезвычайного положения в 2007 году. В 2011 году Федеральное агентство расследований Пакистана внесло имя Первеза Мушаррафа в список лиц, обвиняемых в причастности к убийству Беназир Бхутто, которая погибла в декабре 2007 года во время предвыборного митинга в городе Равалпинди. Тогда в результате самоподрыва террориста-смертника была убита Беназир и еще 26 человек, ранения получили более 90 человек.

В марте 2013 года Мушарраф вернулся в Пакистан, выплатив назначенный судом залог, но уже в апреле был помещен в тюрьму, суд также запретил ему баллотироваться в законодательные собрания как на национальном, так и на региональном уровне.